La mala calidad del agua del río se puede deber también a vertederos sin manejo cerca de las fuentes de agua, en Chitré, Macaracas, Las Minas, Los Pozos y Pesé, cerca de las fuentes de agua.
Vertido de líquidos y sólidos, por que no hay tratamiento de aguas servidas, ni letrinas. Lo que provoca valores de coliformes fecales en la parte baja del río la Villa, mayores de 2000 CFU ICA con valores menores a 50, en el 83% de los puntos muestreados. Además de la erosión de suelo en la parte alta y medio alta de la cuenca, con pendientes pronunciadas y deforestadas. 10.6% de la cuenca con niveles críticos de erosión.
