El sistema de competencia del Campeonato Nacional de Béisbol Juvenil 2013 se mantiene idéntico al utilizado este 2012.
El primera ronda, los 11 equipos se enfrentan todos contra todos a dos vueltas. Los cuatro primeros lugares de la tabla general avanzan a la Serie Semifinal.
En esta fase del torneo habrá cruces, el primer puesto se enfrenta al cuarto lugar y el segundo al tercero. Ambas series serán al mejor de cinco juegos.
Los ganadores de las llaves se medirán en la Serie Final, al mejor de siete partidos.





