Existen tratamientos para la infección por Clostridium difficile; si los síntomas son más graves, como diarrea aguda o inflamación de las paredes del intestino delgado (colitis), puede ser necesaria la administración de antibióticos para eliminar la bacteria.
En casos graves y poco frecuentes de infección por Clostridium difficile, puede requerirse la cirugía para reparar los intestinos dañados, sobre todo si hay desgarros en el intestino delgado (perforación del colon).