El que hoy conocemos como Museo de Arte Religioso Colonial fue por muchos años la Capilla de Santo Domingo, dedicada a la devoción por la Virgen del Rosario, la cual tuvo grandes pérdidas al incendiarse en 1,737 y 1,756.
Muchos años después se dio la restauración de la capilla, en el año de 1974, por parte de entidades como el Ministerio de Obras Públicas, el Municipio de Panamá y el Instituto Nacional de Cultura (Inac), con asesoría de la Comisión Nacional de Arqueología y Monumentos Históricos.
Allí se respetó el diseño original, después se hicieron adiciones en diversos periodos, el coro fue reemplazado por uno de madera con una balaustrada (barandilla) tallada en Parita; el piso original se protegió colocando una capa de felpa, cubierta por baldosas hechas en Chupampa, todo según las técnicas coloniales.
